Ubicado en las Planicies del Tortuguero, este refugio se encuentra en el extremo noreste del país, a lo largo del Río San Juan: Los edificios administrativos están a 99 km desde Moin a lo largo del sistema de canales de Tortuguero y a 99 km de San José; en línea recta. Es una de las áreas salvajes más largas en el paí y además la más lluviosa, recive un promedio de 6000 mm anuales.

Esto a dado lugar a la creación de muchos pantanos, lagos y canales con diferentes composiciones florales. Hay una abundante pero poco estudiada fauna; se han identificado algunas especies en peligro de extinsión, como el manatee. Una parte del refugio puede ser visitada por los sistemas de canales naturales, ríos y estanques que lo cruzan.