Se encuentra localizado en los cantones de los Chiles y Guatuso, en la provincia de Alajuela, tiene una extensión de 9.940 hectáreas.

Preserva una de las más importantes zonas húmedas del país, y tiene importancia internacional desde que es el hogar de muchas especies migratorias, en peligro de extinción y especies comerciales.

Caño Negro es una laguna de agua dulce, poco profunda, con una extensión de 800 hectáreas. La laguna y las áreas cercanas, son algunas de las más importates y vitales áreas biológicas que sostienen la calidad del medio hambiente en el lado norte del país.

Además esta área es el hábitat para una gran variedad de flora, fauna y comunidades naturales, muchas de las cuales son únicas o en peligro de extinción. Esto le da gran importancia internacional al refugio.

El Refugio Caño Negro es un importante recurso de comida para las aves migratorias del norte. Hay además muchas especies de plantas y animales que no se pueden encontrar en ninguna otra zona del país, aves y peces para el consumo humano.